Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia (PMA) nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama sebagaimana telah dirubah dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 6 Tahun 2022, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Maluku Tenggara bertugas melaksanakan tugas dan fungsi Kementerian Agama dalam wilayah Kabupaten Maluku Tenggara berdasarkan kebijakan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama provinsi Maluku dan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, kantor Kementerian Agama kabupaten Maluku Tenggara menyelenggarakan fungsi:

1. perumusan dan penetapan visi, misi, dan kebijakan teknis di bidang pelayanan dan bimbingan kehidupan beragama kepada masyarakat di Kabupaten Maluku Tenggara;
2. pelayanan, bimbingan, dan pembinaan kehidupan beragama;
3. pelayanan, bimbingan, dan pembinaan haji dan umrah, serta zakat dan wakaf; 
4. pelayanan, bimbingan, dan pembinaan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan; 
5. pembinaan kerukunan umat beragama;
6. pelaksanaan kebijakan teknis di bidang pengelolaan administrasi dan informasi;
7. pengoordinasian perencanaan, pengendalian, pengawasan, dan evaluasi program; dan 
8. pelaksanaan hubungan dengan pemerintah daerah, instansi terkait, dan lembaga masyarakat dalam rangka pelaksanaan tugas Kementerian Agama di Kabupaten Maluku Tenggara

Susunan Organisasi:

Subbagian Tata Usaha bertugas melakukan penyiapan bahan koordinasi penjabaran kebijakan teknis dan kegiatan, pelayanan urusan persuratan, administrasi perencanaan, kepegawaian, keuangan dan barang milik negara, keorganisasian dan ketatalaksanaan, penyusunan keputusan, kerumahtanggaan, kearsipan, hubungan masyarakat, serta publikasi, data dan informasi.

Seksi Pendidikan Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, madrasah tsanawiyah, pendidikan agama Islam, pendidikan diniyah, dan pondok pesantren.

Seksi Bimbingan Masyarakat Islam bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Islam dan bina syariah, bina kantor urusan agama dan keluarga sakinah, penerangan agama Islam, serta pemberdayaan zakat dan wakaf.

Seksi Urusan Agama Kristen bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang kelembagaan, penyuluhan, dan budaya keagamaan Kristen.

Seksi Pendidikan Kristen bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan agama dan pendidikan keagamaan Kristen.

Seksi Bimbingan Masyarakat Katolik bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Katolik, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan Katolik.

Penyelenggara Haji dan Umrah  bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendaftaran dan pembatalan haji, bimbingan manasik, bina haji reguler, penyelenggara haji khusus dan umrah, transportasi dan dokumen haji reguler, serta administrasi keuangan haji.