Sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia (PMA) nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 6 Tahun 2022, susunan  organisasi  Kantor Kementerian Agama  Kabupaten Maluku Tenggara sebagaimana dimaksud dalam Pasal 616 sampai 621 terdiri atas:

1. Kepala Kantor; (AHMAD RAHARUSUN, S.Pd., M.Pd)
2. Subbag Tata Usaha; (MUHAMMAD YUSRI BAU, S.H.I., M.Si.)
3. Seksi Pendidikan Islam; (ABD. GANI RENIWURYAAN, S.HI., M.Pd)
4. Penyelenggara Haji dan Umrah; (Drs. MALAKADIN BACO)
5. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam; (BUKHORI ZAINUN, S.H.I)
6. Seksi Urusan Agama Kristen; (INTAN ENDRIAWATI UKRU, S.Si.)
7. Seksi Bimbingan Masyarakat Katolik; (JOHANIS LETSOIN, S,Sos)
8. Seksi Pendidikan Agama Kristen; (DAUD CHRISTOFFEL WARBAL S.Th)
9. Kelompok Jabatan Fungsional.